La historia se remonta al año 1.142 cuando un noble, en mitad de un viaje desde Praga a Moravia, se detuvo a descansar en las inmediaciones de un bosque. Tal era su cansancio que quedó profundamente dormido y en sus sueños se le apareció un pájaro que se metió en su boca y le dió la idea de fundar un monasterio en ese lugar. Así el noble se puso en contacto con los monjes de la orden cistercense de Waldassen, en Bavaria.
En 1278, el abad del monasterio, Jindrich, fue enviado a Tierra Santa de donde se trajo tierra del Gólgota para dispersar por el cementerio. A raiz de esto se consideró aquel lugar santo y que quien descansará después de muerto en sus tierras, alcanzaría el cielo.
La peste negra de principios del siglo XIV provocó la muerte de más de 30.000 personas y hacia el siglo XV unos 500 monjes murieron en el interior del monasterio debido a las guerras husitas. De este modo, aumentaron considerablemente la cifra de entierros en el lugar. Llegó un momento en que el campo santo no permitió el entierro de nadie más al haber tal cantidad de cadáveres.
Fue entonces cuando empezaron a usarse los huesos de los allí enterrados para decorar la iglesia.
En 1870, František Rint, un tallista de madera, fue contratado por la familia Schwarzenberg para poner los montones de huesos en orden. Los macabros resultados de su trabajo hablan por sí solos. Una enorme lámpara de araña, que contiene al menos una unidad de cada hueso que forma el cuerpo humano, cuelga del centro del nave junto a las guirnaldas de cráneos que cubren las bóvedas
